Rövid szertartás keretében szeptember 29-én, a 11 órakor kezdődő szentmise után a kegyhelyet őrző ferencesek valamennyi oltárról leveszik a liturgikus kellékeket, az oltárok előtt rövid imádságot tartanak, majd a szentségházból is elviszik az Eucharisztiát. Ezt követően a kegyszobrot kihelyezik a szembemiséző oltárra, és mindenki elvonulhat előtte. Végül elhalkul az orgona, elnémulnak a harangok, majd bezárják a bazilikát. A Magyarok Nagyasszonya-búcsút (október 6.) még az eredeti helyen tartják, csak a templom nem lesz látogatható.

Szent Ferenc halálát, tranzitusát október 3-án 17 órakor ünnepelik a szentkúti ferencesek, amelyen jelen lesz Orbán Viktor miniszterelnök, és elhelyezi a megújuló kegyhely alapkövét. A kegyszobrot október 14-én a budapesti Szent István-bazilikába szállítják, ahol a szentkúti munkálatok idején is leróhatják a hívek tiszteletüket, és október 23-tól szerda esténként szentkúti imaesteket tartanak.

Ha az építkezés a tervezett ütemben halad, a kegytemplomban ádvent első vasárnapjától ismét tartanak szentmiséket. A kegyhely az építkezés idején is megközelíthető, s bár a munkaterületet lezárják, a vízvételt a szent kútból biztosítják.